Какие файлы следует изменять?

Как правило, изменение содержимого переменой PATH или определение дополнительных переменных окружения следует производить в файле .bash_profile (или эквивалентном ему, в зависимости от дистрибутива, — например, в Ubuntu используется файл .profile). Во всех остальных случаях изменения должны производиться в .bashrc. Если вы не системный администратор и вам не требуется вносить изменения, касающиеся всех пользователей системы, изменяйте только файлы в своем домашнем каталоге. Конечно, можно изменять файлы в /etc, такие как profile, и во многих случаях в этом есть определенный смысл, но давайте пока избегать рискованных действий.